Quinze anos após um evento cataclísmico conhecido como Segundo Impacto, o mundo enfrenta uma nova ameaça: seres celestiais monstruosos chamados Anjos invadem Tóquio-3 um por um. A humanidade é incapaz de se defender contra os Anjos apesar de usar suas munições e táticas militares mais avançadas. A única esperança de salvação humana está nas mãos da NERV, uma organização misteriosa liderada pelo frio Gendou Ikari. A NERV opera robôs humanoides gigantes chamados 'Evangelions' para combater os Anjos com armamentos de última geração e barreiras protetoras conhecidas como Campos de Terror Absoluto.
Anos depois de ser abandonado por seu pai, Shinji Ikari, o filho de 14 anos de Gendou, retorna a Tóquio-3. Shinji trava uma batalha interna perpétua contra o trauma profundamente enterrado causado pela perda de sua mãe e pela negligência emocional que sofreu nas mãos de seu pai. Aterrorizado em se abrir para outro, a vida de Shinji muda para sempre ao conhecer Misato Katsuragi, de 29 anos, uma oficial de alto escalão da NERV que lhe mostra uma bondade maternal de espírito livre que ele nunca experimentou.
Um ataque devastador de um Anjo força Shinji a agir enquanto Gendou revela seu verdadeiro motivo para convidar seu filho de volta